ที่ตั้งของวัดแห่งนี้ เดิมทีเป็นผืนนาที่โยมแม่ของพระอาจารย์ยกถวาย หลังจากพระอาจารย์คึกฤทธิ์  โสตฺถิผโล กลับจากการออกธุดงค์ ได้มาใช้สถานที่แห่งนี้เป็นที่บำเพ็ญภาวนาและพำนักแต่เพียงผู้เดียว ในระหว่างนั้นสถานที่ดังกล่าวค่อยๆ ได้รับการพัฒนาตามลำดับ ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๔๕ หรือประมาณ ๘ ปี นับแต่ท่านได้มาอยู่บำเพ็ญภาวนา สถานที่แห่งนี้จึงได้ขึ้นทะเบียนตั้งเป็นวัดนาป่าพงจวบจนถึงปัจจุบัน